Vleermuizen zijn beschermde dieren en mogen daarom niet worden gedood, zelfs niet in het kader van bouw-, sloop- of andere werkzaamheden. Het vernietigen of beschadigen van hun leefgebieden, inclusief kraamverblijven, is eveneens niet toegestaan. Deze bescherming is een gevolg van de Europese Habitatrichtlijn, welke geïmplementeerd is in de Nederlandse Wet natuurbescherming (Wnb). Voorheen viel deze bescherming onder de Flora- en faunawet, tot de invoering van de Wnb in 2017.

Gierzwaluwen zijn strikt beschermd: het doden, vangen, opzettelijk verjagen, evenals het verstoren van hun nesten en eieren is verboden. De wet vereist dat, voorafgaand aan elke ruimtelijke ontwikkeling, een onderzoek naar de aanwezigheid van gierzwaluwen wordt uitgevoerd. Dit is essentieel om vast te stellen of gierzwaluwen actief zijn in of rond het betreffende gebouw of gebied, waardoor een gierzwaluwonderzoek een cruciale stap is in het planningsproces.

Bij het aanvragen van een omgevingsvergunning of het wijzigen van een bestemmingsplan kan een onderzoek naar huismussen essentieel zijn. Een initiële ecologische quickscan kan uitwijzen dat de beoogde projectlocatie een potentieel habitat vormt voor huismussen, hetzij als verblijfplaats of als functioneel leefgebied. Indien dit het geval is, vereist men een gedetailleerd huismusonderzoek om de specifieke impact van de geplande ontwikkeling op deze vogelsoort nauwkeurig vast te stellen.